Michael Hedges' muzikale leven begon in Enid, Oklahoma, waar hij fluit en gitaar speelde. Hij schreef zich in aan de Phillips University in Enid om klassieke gitaar en compositie te studeren bij E.J. Ulrich, die volgens Hedges het meeste invloed had op zijn academische opleiding. Hedges studeerde compositie aan het Peabody Conservatory in Baltimore, Maryland waar hij zijn klassieke achtergrond toepaste op akoestische gitaar met stalen snaren, en ook elektronische muziek studeerde.
Hedges verdiende de kost door te spelen en te zingen in pubs en restaurants in Baltimore terwijl hij studeerde aan Peabody. Van 1976 tot 1977 speelde hij elektrische gitaar en fluit voor een lokale groep genaamd Lotus Band. In 1980 verhuisde hij naar Californie om muziek te studeren aan de Stanford University.
Hedges werd in februari 1981 gecontacteerd door William Ackerman die hem hoorde optreden in het Varsity Theater in Palo Alto. Op een servet tekende Ackerman Hedges voor een platencontract bij Windham Hill Records.
Hedges' eerste twee albums voor Windham Hill waren Breakfast in the Field en Aerial Boundaries. Hij schreef bijna uitsluitend in alternatieve gitaarstemmingen. Zijn vroege opnames en het grootste deel van het Breakfast in the Field-album werden opgenomen op de Ken DuBourg-gitaar en zijn Martin D-28 "Barbara". Enkele van de technieken die hij gebruikte zijn onder meer slap-harmonischen (gemaakt door de snaren over een harmonische knoop te slaan), het gebruik van de rechterhand hammer-ons (vooral op basnoten), het gebruik van de linkerhand voor melodische of ritmische hammer-ons en pull-offs , percussieve klappen op het gitaarlichaam, evenals ongewoon getokkel. Hij maakte uitgebreid gebruik van snaardemping zoals toegepast in klassieke gitaar, en stond erom bekend sterk aan te dringen op de precieze duur van geluiden en stiltes in zijn stukken. Hij speelde gitaarvarianten zoals de harpgitaar (een instrument met extra bassnaren) en de TransTrem-gitaar. Hij was een multi-instrumentalist die piano, percussie, tin-whistle, mondharmonica en fluit speelde. Bassist Michael Manring heeft bijgedragen aan bijna alle platen van Hedges.
Gefrustreerd dat zijn gepubliceerde werk alleen de instrumentale kant van zijn creatieve output weerspiegelde, overtuigde Hedges Windham Hill om Watching My Life Go By uit te brengen, een studio-opname uit 1985 van zijn vocale originelen geschreven over een periode van vijf jaar - nummers die vaak werden uitgevoerd tijdens zijn concerten tot de release van het album. Zijn vierde album, een live-opname genaamd, Live on the Double Planet, werd samengesteld uit 40 van zijn live-concerten van 1986 tot 1987.
Zijn muzikale opleiding was grotendeels in moderne 20e-eeuwse compositie. Hij luisterde naar Martin Carthy, John Martyn en de Beatles, maar zijn benadering van compositie had hij veel te danken aan Igor Stravinsky, Edgard Varèse, Anton Webern en Steve Reich, naast experimentele componisten als Morton Feldman. Hij zag zichzelf als een componist die gitaar speelde, in plaats van een gitarist die muziek componeerde. Hij werd vaak gecategoriseerd als een new-agemuzikant vanwege zijn samenwerking met Windham Hilll.
Hedges' Aerial Boundaries album, uitgebracht in 1984, bevatte een eerbetoon aan het werk van akoestische gitarist Pierre Bensusan, simpelweg getiteld "Bensusan". Bensusan bracht postuum hulde aan zijn in 2001 uitgebrachte Intuite ("Favored Nations"), met een compositie getiteld "So Long Michael".
Hedges komt om het leven door een auto-ongeluk. Na zijn dood won zijn album Oracle in 1997 de Grammy Award voor Best New Age Album.
Hedges' onvoltooide laatste opnames werden voltooid voor het album Torched met de hulp van zijn voormalige manager Burgess en vrienden David Crosby en Graham Nash.
